共分为三个阶段，预选赛，分区赛和全国决赛（现行的八强赛）
预选赛
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每年9月-11月，各省、自治区、直辖市、特别行政区在当地教育行政部门、大学生体育协会、大学生篮球协会的领导下，以学校为单位组织预选赛。各地区预选赛男女组冠军队自动获得分区赛参赛资格，目前全国共有29个省级行政区定期组织CUBA预选赛；
分区赛
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基本上按照地域关系，全国共分东南、西南、东北、西北四个赛区。
东南区：上海市、江苏省、浙江省、安徽省、江西省、福建省、广东省、海南省
西南区：湖北省、湖南省、广西壯族自治區、贵州省、云南省、四川省、重庆市、西藏自治區
西北区：山西省、陕西省、甘肃省、新疆維吾爾自治區、青海省、宁夏回族自治區、内蒙古自治區、香港特別行政區、河南省
东北区：北京市、天津市、辽宁省、吉林省、黑龙江省、河北省、山东省、澳门特別行政區
每一分区有10支参赛队伍，共计40支球队得以从预选赛中晋级。
全国决赛
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现行规则如下
女子八强赛，采取赛会制，先通过单场淘汰决出两支进入总决赛的队伍，总决赛采取主客场两回合制。如赛会承办单位进入总决赛，则第二场决赛移师客队所在地，否则第二场比赛主场权由进入总决赛的双方队伍抽签决定。如果两回合打平则算净胜分，如果净胜分也相同则以罚篮决胜负，罚球各罚5次平手进入单轮淘汰，直至决出总冠军。
男子八强赛，每一回合均采取主客场两回合制，如果两回合打平则算净胜分，如果净胜分也相同则以罚篮决胜负，罚球各罚5次平手进入单轮淘汰，直至决出总冠军。
比赛采用《1998－2002年篮球竞赛规则》（今后国家体育总局若下发新的竞赛规则，则采用新规则），所有比赛时间采用四节制，每节10分钟，同时第二节、第四节比赛中各增加一次技术暂停。
届数
总冠军
总决赛最有价值球员
比分
亚军
季军
比分
第四名
第一届
电子科技大学
57:47 67:52[1-1]OT22:18
湖南财经学院
A级联赛
西安交通大学
上海交通大学
浙江大学
华中理工大学
B级联赛
西北大学
两回合[2-0] B级总冠军
电子科技大学
山东矿业学院／湖南财经学院
并列第三
第二届
华侨大学（1）
71:64 65:85 加时
浙江大学
中国人民大学／太原理工大学
并列第三
第三届
东北师范大学
74:64 80:68 [2-0]
浙江大学
第四届
山东科技大学
90:86 62:76[1-1]加时
华侨大学
第五届
华侨大学（2）
69:64 80:65 [2-0]
电子科技大学
第六届
华中科技大学
70:60 75:68(OT) [2-0]
西安交通大学
中国矿业大学／太原理工大学
并列第三
第七届
华侨大学（3）
64:53 71:63 [2-0]
武汉理工大学
山东科技大学／太原理工大学
并列第三
第八届
华侨大学（4）
83:68 72:54 [2-0]
武汉理工大学
河南大学／太原理工大学
并列第三
第九届
華僑大學（5）
山東科技大學
第十届
華僑大學（6）
太原理工大學
第十一届（2009年）
中國礦業大學
山東科技大學
第十二届（2010年）
太原理工大學
中國礦業大學
第十三届（2011年）
華僑大學（7）
中國民航大學
第十四届（2012年）
太原理工大學
華僑大學
第十五届（2013年）
華僑大學（8）
北京大學
第十六届（2014年）
北京大學(1)
太原理工大學
第十七届（2015年）
華僑大學（9）
中國民航大學
第十八届（2016年）
清華大學(1)
班鐸
70:64
太原理工大學
中國民航大學
65:60
中南大學
第十九届（2017年）
北京大學(2)
王少杰
81:68
中南大學
清華大學
81:79
浙江大學
第二十届（2018年）
北京大學(3)
万圣伟
94:61
中南大學
中國民航大學
92:90
華僑大學
第二十一届（2019年）
北京大學(4)
王少杰
84:77
清華大學
廈門大學
86:79
中南大學
第二十二届（2020年）
清華大學(2)
劉東
83:75
中南大學
寧波大學
78:74
中國礦業大學
第二十三届（2021年）
清華大學(3)
王嵐嶔
93:75
北京大學
廈門大學
93:84
北京化工大學
第二十四届（2022年）
清華大學(4)
鄒陽
89:86
广东工业大学
西安交通大學
88∶71
寧波大學
第二十五届（2023年）
广东工业大学(1)
陈国豪
87:83
清华大学
北京体育大学
84:65
中南大学
首届CUBA联赛分区成绩
组级
分区
冠军
亚军
季军
第四
第五
第六
A级
不分区
西安交通大学
上海交通大学
浙江大学
华中理工大学
山东大学
中国人民大学
B级
北区
西北大学
山东矿业学院
河南大学
太原理工大学
B级
南区
电子科技大学
湖南财经学院
华东理工大学
华侨大学
第一届AB级争霸赛
冠军
亚军
AB争霸赛制
西安交通大学
西北大学
山东矿业学院是山东科技大学的前身
本届CUBA联赛采取分级赛制，既以原国家教委[95]7号文件为依据，凡属该文件确定试办高水平运动队的院校组队参加A级联赛，非试点院校参加B级联赛。其中A级联赛的所有赛事由一所院校承办，符合报名条件的队伍直接参加比赛；B级联赛以长江为界，分成南区和北区，赛制与CUBA现行赛制相近，即先进行预选赛，然后进行分区赛（南北两区），南区冠军和北区冠军进行B级总决赛。最后由A级联赛冠军和B级联赛冠军进行单场争霸赛。
第二届CUBA全国八强战
赛区
冠军
亚军
季军
第四
泉州赛区
华侨大学
太原理工大学
东北师范大学
广西大学
杭州赛区
浙江大学
中国人民大学
西北大学
武汉汽车工业大学
赛区冠军华侨大学和浙江大学进入CUBA总决赛
武汉汽车工业大学是武汉理工大学的前身
第三届CUBA全国八强战
赛区
冠军
亚军
季军
第四
泉州赛区
华侨大学
太原理工大学
东北师范大学
广西大学
杭州赛区
浙江大学
中国人民大学
西北大学
武汉汽车工业大学
赛区冠军华侨大学和浙江大学进入CUBA总决赛
第四届CUBA全国八强战
赛区冠军
前八
山东科技大学华侨大学
太原理工大学、新疆大学、电子科技大学湖南大学、浙江大学、东北师范大学
赛区冠军华侨大学和山东科技大学进入CUBA总决赛
第五届CUBA全国八强战
赛区冠军
前八
华侨大学电子科技大学
汕头大学、武汉理工大学、太原理工大学西北工业大学、河北大學、山东科技大学
赛区冠军华侨大学和电子科技大学进入CUBA总决赛
第六届CUBA全国八强战
赛区
冠军
亚军
季军
第四
徐州赛区
西安交通大学
中国矿业大学
山东科技大学
剥夺参赛资格*
武汉赛区
华中科技大学
太原理工大学
华侨大学
中国民用航空学院
赛区冠军西安交通大学和华中科技大学进入CUBA总决赛
8强球队电子科技大学违反CUBA联赛参赛资格规定，被取消参赛资格和比赛成绩并停止其参加第七届联赛
中矿大八强战中罚球7:8输给电子科大，但因电子科大违规中矿大晋级四强
第七届CUBA全国八强战
决赛
四强
八强
华侨大学
64:53（泉州）71:63（武汉）[2-0]
武汉理工大学
山东科技大学
66:65 61:83 [总分 127:148]
武汉理工大学
华侨大学
87:78 82:80 [2-0]
太原理工大学
中国民用航空学院
69:74 83:90 [0-2]
太原理工大学
西北工业大学
74:90 66:71 [0-2]
山东科技大学
华侨大学
82:68 79:69 [2-0]
广西大学
武汉理工大学
92:84 78:72 [2-0]
汕头大学
本届八强赛采取主客场两回合制
如果两回合打平则算净胜分，如果净胜分差在15分以内则罚篮决胜负，罚球各罚5次平手进入单轮淘汰
第八届CUBA全国八强战
决赛
四强
八强
华侨大学
83:68（泉州）72:54（武汉）[2-0]
武汉理工大学
河南大学
70:76 88:90 [0-2]
武汉理工大学
华侨大学
81:64 69:66 [2-0]
太原理工大学
中国民用航空学院
90:80 79:84 [1-1]罚球4:6
河南大学
河北工程学院
75:70 69:74 [1-1]罚球5:6
太原理工大学
华侨大学
100:78 84:50 [2-0]
国防科技大学
汕头大学
75:91 65:69 [净胜分140:160]
武汉理工大学
本届八强赛采取主客场两回合制
如果两回合打平则算净胜分，如果净胜分差在15分以内则罚篮决胜负，罚球各罚5次平手进入单轮淘汰
第九届CUBA全国八强战
本届八强赛采取主客场两回合制
如果两回合打平则算净胜分，如果净胜分差在15分以内则罚篮决胜负，罚球各罚5次平手进入单轮淘汰
全国决赛女子组
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详见-中国大学生篮球联赛全国决赛 (女子组)（WCUBA）